Awal kisah istri Habibie yaitu Ainun didiagnosis mengidap kanker ovarium pada 24 Maret 2010. Tak kenal lelah, Habibie setia mendampingi Ainun selama perawatan intensif di Munchen, Jerman.
Usaha dokter menyelamatkan Ainun dengan sembilan kali operasi dan empat operasi utama tak mampu menyelamatkannya. Kemudian, dua bulan berselang, pada 22 Mei 2010, Ainun meninggal dunia
Jenazah Ainun diterbangkan ke Tanah Air pada 24 Mei 2010. Keesokan harinya, Ainun dimakamkan di TMP Kalibata, Jakarta.
Sepeninggalan Ainun, Habibie sangat terpukul berat, dia sempat bertingkah layaknya bocah. Mengutip situs resmi Gramedia, dia menangis dan berteriak mencari-cari Ainun. Dia bahkan berjalan tanpa sepatu dan hanya mengenakan baju tidur. Tim dokter menyarankan agar Habibie rutin menulis catatan pribadi. Dari deadline yang ditentukan selama tiga bulan, catatan itu diselesaikan Habibie lebih cepat, dua bulan saja.
Sepeninggalan Ainun, Habibie sangat terpukul berat, dia sempat bertingkah layaknya bocah. Mengutip situs resmi Gramedia, dia menangis dan berteriak mencari-cari Ainun. Dia bahkan berjalan tanpa sepatu dan hanya mengenakan baju tidur. Tim dokter menyarankan agar Habibie rutin menulis catatan pribadi. Dari deadline yang ditentukan selama tiga bulan, catatan itu diselesaikan Habibie lebih cepat, dua bulan saja.
Catatan pribadi habibie kemudian dituangkan dalam Film Ainun Habibie yang di produksi oleh MD entertainment tahun 2012. Kisah romantic percintaan Habibie dan Ainun dituangkan dengan Apik oleh Produser Manoj Punjabi.
Kiss itu sendiri di mulai saat beranjak habibie dan Ainun beranjak dewasa, Habibie menyadari bahwa Ainun adalah sosok perempuan yang cantik dan mengagumkan. Saat berkunjung ke rumah Ainun, Habibie berseloroh bahwa 'gula jawa' telah berubah menjadi 'gula aren'. Frasa itu merupakan analogi yang digunakan Habibie untuk menggambarkan perubahan Ainun yang kian cantik.
Candaan habibie terekam apik dalam flm yang dibintangi oleh Reza Rahardian sebagai Habibie dan Bunga Citra Lestari sebagai Ainun.
Ainun, yang kala itu populer di kalangan laki-laki, melabuhkan hatinya pada Habibie. Dia pun resmi menjadi istri Habibie pada 12 Mei 1962. Dari pernikahan itu, keduanya dikaruniai dua orang putra, Ilham Akbar dan Thareq Kemal.
Sepeninggalnya Ainun, hari-hari dilewati Habibie dengan beragam kegiatan. Kunjungan ke berbagai kota, menerima tamu di kediaman pribadinya, hingga diundang sebagai pembicara dalam beberapa kesempatan. Satu hal yang nyaris tak pernah dia lewati: mengunjungi makam sang istri.
Habibie sendiri, punya jadwal rutin mengunjungi makam sang istri. Minimal sekali dalam sepekan, Habibie pasti 'menengok' sang istri dan berdoa di dekatnya. Bunga di makam sang istri pun selalu ditaburi bunga dua kali dalam sepekan. Tak heran jika selalu ada bunga segar di makamnya.
Semenjak hari ini, Habibie tak lagi mengunjungi makam Ainun. Habibie meninggal dunia pada Rabu (11/9). Setelah sembilan tahun terpisah, Habibie akan kembali 'bertemu' dengan belahan jiwanya yaitu, Ainun sang istri tercinta dalam surge yang abadi. Aamiin..